A ce titre, elle dispose d'établissements de formation que sont : l'EAMAC (Ecole Africaine de la Météorologie et de l'Aviation Civile), l'ERSI (Ecole Régionale de Sécurité Incendie), et l'ERNAM (Ecole Régionale de la Navigation Aérienne et du Management) respectivement basées à Niamey, Douala et Dakar.

La formation du personnel s'effectue principalement dans ces trois établissements, qui bénéficient du soutien d'établissements français homologues, dans le cadre de la coopération avec la France.

Les formations dans les autres centres sont diversifiées et liées notamment aux projets de l'Agence et à l'installation d'équipements, à la gestion des aéroports et à l'immersion des contrôleurs de la circulation aérienne en pays anglophone.