Le directeur général est nommé par le Conseil d’administration après désignation par le Comité des ministres pour une durée de quatre(4) ans, renouvelable une fois.

Il assure la gestion de l'Agence en exécution des décisions prises par les deux instances statutaires précitées;

• Recrute tout le personnel de l'Agence à l'exception de l'Agent Comptable et du Contrôleur Financier;

• Est responsable de la gestion administrative de l'Agence.
  

• Nomme dans chaque Etat membre un "Représentant", responsable des activités de l'Agence dans son Etat d'affectation.

Le Directeur Général est assisté dans l'exécution de sa mission par neuf Directeurs.

Le Directeur Général

Mohamed Moussa

Comité de direction 

Ceubah Guelpina

 Directeur des Ressources Humaines

Louis Bakienon 

Directeur de l'Exploitation de la Navigation Aérienne

Pedro Obama Rabago

Directeur des Moyens Techniques et Informatiques

Yaya Soumahoro

Directeur des Etudes et Projets

Mahfoudh Moctar

Directeur de l'Exploitation de la Météorologie Aéronautique

Louis Prince Agbodjan

Directeur des Ressources Financières

Yves Armand Iyock

Inspecteur général & Audit

Rahimi Toure Arouna

Directeur Sécurité, Sûreté, Qualité et Environnement

Pafait Amalet

Directeur des Activités Aéronautiques Nationales