Le Contrôleur Financier est nommé par le Conseil d'administration, après agrément du Comité des Ministres, pour une durée de six (6) ans non renouvelable.

Il exerce un contrôle indépendant sur les actes des ordonnateurs de l’Agence avec une mission générale :

• de contrôle de la gestion de l'établissement 
• de surveillance de toutes les opérations susceptibles d'avoir directement ou indirectement une répercussion économique et financière.