Le directeur général est nommé par le Conseil d’administration après désignation par le Comité des ministres pour une durée de quatre(4) ans, renouvelable une fois.

Il assure la gestion de l'Agence en exécution des décisions prises par les deux instances statutaires précitées;

• Recrute tout le personnel de l'Agence à l'exception de l'Agent Comptable et du Contrôleur Financier;

• Est responsable de la gestion administrative de l'Agence.
  

• Nomme dans chaque Etat membre un "Représentant", responsable des activités de l'Agence dans son Etat d'affectation.

Le Directeur Général est assisté dans l'exécution de sa mission par six (6) Directeurs.

Le Directeur Général

Prosper ZO'O MINTO

Comité de direction 

Joachim Tchissambou Mboundou

 Directeur de Cabinet du Directeur général

Sidi Koné 

Directeur de l'Exploitation de la Navigation Aérienne

Arouna Rahimi Touré

Directeur Technique

Mamadou TALL

Directeur des Ressources Humaines

Mohamed Yattara

Directeur des Contrôles Internes et des Systèmes de Gestion SSQE

Louis Prince Agbodjan

Directeur des Ressources Financières et du Budget