Constitué des ministres en charge de l'aviation civile des Etats parties, c’est l'organe suprême de l'Agence.

Il se réunit au moins une fois l'an en session ordinaire avant le 31 juillet de l'année civile sauf décision contraire du Président du Comité des Ministres.

Il définit la politique générale de l'Agence, et notamment sa stratégie, et s'assure de sa mise en œuvre.

A ce titre, il est notamment chargé:

• de veiller au respect des exigences de sécurité des services fournis par l'Agence ;
• de définir sa politique tarifaire;
• d'examiner et d'approuver ses plans pluriannuels ;
• de désigner le directeur général de l'Agence dans les conditions définies par les statuts annexés à la Convention.

Il se prononce sur les demandes d'adhésion à la Convention.

La présidence est tournante, à un rythme annuel. 

Elle est assurée actuellement par Monsieur Emile Zerbo, Ministre en charge de l’Aviation Civile du Burkina Faso.